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La historia comienza en 1992 cuando
la agente Scully es asignada al agente Mulder con
el objetivo de observar su trabajo en los
Expedientes X. En ellos se guardan casos
inexplicados y sin resolver que ya no son de
interés para el FBI. Los superiores querían que
Scully, doctora en medicina y con un currículum
sobresaliente en la academia del FBI, socavara el
trabajo de Mulder y demostrara su total
inutilidad para la oficina. El interés del
agente Mulder en los Expedientes X se justificaba
por su convencimiento de que su hermana, Samantha,
había sido raptada por extraterrestres cuando él
tenía doce años y ella ocho. Esta creencia
alimentó su búsqueda de la verdad y transformó
su trabajo en una obsesión pronto compartida por
Scully.
Al comienzo de la serie aparece un misterioso
informante que parece estar en contacto con altos
niveles de poder y conocer mucho acerca de una
conspiración para ocultar al público la
existencia de vida extraterrestre en la tierra.
Guía las investigaciones de estos agentes del
FBI cuando le es posible y según cree
conveniente. "Deep Throat" o Garganta
Profunda, nombre inspirado en el informante del
Watergate, ayudó a Mulder durante un año, pero
se arriesgó demasiado al develar que el gobierno
experimentaba con ADN extraterrestre para crear híbridos
humano-extraterrestres y fue asesinado a cambio
de la vida de Mulder.
El padre de Fox, William "Bill" Mulder,
participó muy de cerca a partir de los años
cincuenta en un proyecto secreto cuyas
implicaciones actuales incluyen las verdades que
trata de develar su hijo. Del proyecto en el que
participó, junto a Garganta Profunda y muchos
jerarcas nazis rescatados después de la guerra,
sólo se sabe que el conocimiento público de
este plan sería tan catastrófico que vale la
pena todo lo que estos hombres hacen para
mantener oculta la verdad. (Más acerca de esto más
adelante) Más adelante se presenta a Mulder un híbrido
igual a su hermana desaparecida. Esta mujer
revela que el objetivo de los extraterrestres es
la creación de una nueva raza híbrida para la
colonización de la Tierra. Esta revelación pone
en evidencia que ella y varios otros ejemplares
idénticos corren serio riesgo a manos de un caza
recompensas extraterrestre (llamado "Alien
Bounty Hunter" en la serie). Este extraño
ser, de apariencia humana cambiante, asesina a
los híbridos rebeldes mediante una perforación
en la base del cráneo, única forma de matarlos.
La aparición de los clones de Samantha fortalece
en Mulder la certeza de que su hermana está viva
y reaviva las esperanzas de encontrarla.
Las investigaciones de Mulder son un problema
para el gobierno, pero aún más para los hombres
responsables del asesinato de Garganta Profunda y
de las trabas que encuentran Mulder y Scully en
su trabajo. Esta situación llega a su punto
culminante cuando la agente es raptada con el
objetivo de detener las investigaciones. El rapto
fue escenificado como un rapto extraterrestre,
pero hay muchas ambigüedades con respecto a ese
hecho. Luego de varios meses Dana Scully es
devuelta en coma, y se pone en evidencia la
participación del gobierno en su desaparición.
El principal responsable de su regreso es un
hombre conocido por ser un fumador compulsivo,
omnipresente en la vida del agente Mulder y a su
vez importantísima pieza en la maquinaria
conspiradora. Su rol parece ser el de mantener a
raya las actividades del FBI. Este regreso es una
muestra de poder de The Cigaratte Smoking Man
quien parece estar interesado en que las
investigaciones de los Expedientes X continúen.
Las consecuencias del rapto no se descubren ni en
el corto ni en el mediano plazo. Mucho tiempo
después, Scully encuentra por casualidad un
implante en la base de su cuello, bajo la nuca.
La naturaleza del implante y la tecnología con
la que se desarrolló son desconocidas. Ella es
una más de un grupo de mujeres raptadas y con
implantes subcutáneos. En un pueblo de
Pennsylvania estas mujeres conforman parte de un
grupo de autoayuda llamado Mutual UFO Network (Red
Mutal OVNI) y sugieren a Scully a que su rapto
fue obra de extraterrestres. Con el tiempo todas
estas mujeres contraen cáncer y mueren. Las
filiales de esa red luego se sabrá que se esparcían
por todo el mundo.
En su racional espíritu, Scully no acepta que su
ausencia sea obra de fuerzas extraterrestres y no
logra recordar bien lo que pasó durante su rapto.
La aparición de estas mujeres fortalece la teoría
del rapto extraterrestre, puesto que ellas la
conocían por haberla visto durante su ausencia.
Scully contrae cáncer dos años después de su
rapto y uno luego de la extracción del implante.
Se supone que dicha extracción es lo que
desencadenó el cáncer. Uno de los híbridos,
llamado Crawford, devela el objetivo de los
raptos: extraerles los óvulos mediante un
proceso que hace estériles a las raptadas. Las
mujeres víctimas de raptos son las madres de los
híbridos. Aún no está clara la razón que
tienen ciertos híbridos para ayudar a Mulder y
Scully, pero sí está claro que develar todos
esos secretos les cuesta siempre la vida a manos
de los que protegen el secreto.
Guiado por oscuros intereses el Cigarette-Smoking
Man provee un nuevo implante para detener el
avance de la enfermedad de Scully. Este personaje,
El Fumador Compulsivo o Cancerman, es un ser
sombrío y antagónico en la historia. Es el
enemigo de Mulder, autor intelectual del
asesinato de su padre y de la hermana de Scully,
no tiene reparos en llevar a cabo cualquier cosa
que sea necesaria para preservar los secretos que
tanto desean los agentes develar. En un principio
se creyó que no respondía a nadie, pero más
tarde otros hombres surgen y parecen darle órdenes.
Existe un consorcio, un grupo de hombres que
poseen un poder más allá del gobierno al que el
Cigarette-Smoking Man pertenece. Comenzó como un
plan secreto dentro del gobierno luego de la
Segunda Guerra Mundial y luego se transformó en
una empresa privada global cuyo hombre más
prominente parece ser un industrial alemán
llamado Conrad Strughold. El rol de este grupo en
la colonización es proveer a los Colonizadores
de una raza de Híbridos Humano-Extraterrestres
capaces de sobrevivir a la infección de una
substancia extraterrestre llamada Purity (conocido
en la serie por varios nombres y siendo "Cancer
Negro" el más popular). Para este propósito
se les entregó un feto extraterrestre como
material genético para trabajar. Una vez que el
híbrido fuese creado y fuera exitoso la
colonización sería un hecho y la raza humana
sería expuesta a la sustancia Purity de la cual
no habría salvación tal como se lo dijo el
Doctor Alvin Kurtzweil a Mulder. Sólo los Híbridos
serían capaces de sobrevivir como una raza
esclava de los colonizadores. Por su colaboración,
los miembros del Consorcio y sus familias serían
transformados en híbridos para poder sobrevivir.
Las familias de muchos miembros fueron dadas como
garantía a los colonizadores en el año 1973.
Eso incluyó a Samantha. Bill Mulder, fue el único
se opuso a la colaboración sugiriendo que la
resistencia sería posible si se creara una
vacuna contra el Purity, pero fue obligado a
ceder a pesar de la oposición de su familia.
Para el grupo, la colaboración era la única vía.
Y ese fue el principio del fin.
Sin embargo, el grupo, a espaldas de los
colonizadores, siguió la idea de Bill Mulder. El
plan consistía en utilizar el material genético
proporcionado para conseguir una salvación para
toda la humanidad y no sólo facilitar la
colonización y la salvación únicamente de los
miembros del Consorcio. Paralelamente con los
rusos desarrollaron la vacuna contra el Purity
aunque sólo la versión r fue exitosa. El Plan
de Bill Mulder o el Gran Plan es conocido por el
gobierno como Purity Control y su éxito se
alcanzó gracias a la astucia y oportunismo de un
múltiple traidor llamado Alex Krycek (autor
material de la muerte de Bill Mulder) quién robó
la vacuna a los rusos.
Una amenaza del exterior aparece haciendo
peligrar los planes del Sindicato. Una raza
extraterrestre rebelde que interfiere con los
secuestros en masa de los colonizadores. Estos
secuestros toman por sorpresa al grupo ya que no
se condicen con el cronograma de los
colonizadores. La raza rebelde, llamados rebeldes
sin rostro por las mutilaciones faciales que
evitan la infección de Purity, se opone a la
colonización y trata de exponer al sindicato
para evitar que prosiga con la colaboración.
A pesar de tener una débil aunque efectiva
vacuna, la resistencia no se realizó. Ante el éxito
de innumerables experimentos en mujeres raptadas
(incluyendo a Scully) se logró la creación de
la primera Híbrida Humano-Extraterrestre. Esta
mujer, la Paciente X o Cassandra Spender no sólo
sufrió raptos durante 30 años sino que además
resultó ser la ex-esposa del Cigarette-Smoking
Man. El grupo decide continuar con la colaboración
y no aliarse a los rebeldes extraterrestres.
El éxito hace la colonización inminente y los
miembros del Consorcio apuran su huida para
reunirse con sus familiares donde recibirán la
inmunidad contra el Purity. Mulder, quien se da
por vencido al ver que su destino fue decidido
por su padre, decide reunirse con su hermana que
se encuentra con los colonizadores. Los
extraterrestres rebeldes, por el contrario
intensifican sus actividades para evitar la
colonización y en uno de los movimientos más
inesperados de la serie, roban el tejido original
entregado a los conspiradores y queman viva a la
rama norteamericana del Consorcio junto con sus
familias y a Cassandra. Mulder y el Cigarette-Smoking
Man se salvan de una muerte segura en la base
militar de El Rico.
El fracaso total de la conspiración y la muerte
de Cassandra Spender deja como saldo un futuro
incierto ya que la guerra entre los colonizadores
y la raza de extraterrestres rebeldes no ha
terminado. También deja en claro que la
resistencia es posible y que es la mejor opción
dándole una reivindicación a Bill Mulder luego
de tantos años.
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